La sustancia de la que están formadas los cromosomas de los organismos eucariontes; consiste en proteínas, principalmente histonas, DNA y una pequeña cantidad de RNA, nucleosoma, en un núcleo metabólicamente inactivo, está fundamentalmente en forma condensada, heterocromatina, pero en los núcleos activos está expandida, eucromatina donde se forman las moléculas de RNA mensajero.
La cromatina es una sustancia que comunica a los cromosomas su característica cromaticidad. La afinidad de la cromatina por los colorantes básicos se debe al ácido timonucleico, que, por sus radicales del ácido fosfórico, le comunica sus propiedades ácidas. Modernamente se considera como cromatina toda substancia celular que posea ácido timonucleico; debido a la reacción de Feulgen. La cromatina tiene también proteínas de tipo básico, esto es, ricas en aminoácidos dibásicos, sobre todo arginina, histidina y lisina. El ácido nucleico y las proteínas básicas forman nucleoproteínas en las que el ácido y las proteínas están unidos por enlaces de tipo salino o iónico. En la cromatina del núcleo en reposo (intercinético) hay ácido ribonucleico y probablemente otros compuestos (lípidos). Los cromonemas carecen de cromatina; la cromatina forma sólo la matriz o calima: el término se debe a Flemming, 1879 (J. H. y S.).