Ciencia que trata de los principios, métodos y fines de la clasificación; disciplina que estudia los principios, métodos y fines de la clasificación de los seres vivos. Se aplica en particular, dentro de la biología, para la ordenación jerarquizada y sistemática, con sus nombres, de los grupos de animales y de vegetales: véase sistemática y clasificación.
En biología, la ciencia que estudia la identificación, nomenclatura y clasificación de los seres vivos; la taxonomía clásica agrupa los seres vivos en cinco grandes grupos (taxón) a los que de la categoría de reino; mónera, protista, hongos, plantas o vegetales y animales. Es probable que el primer estudio científico sobre plantas consistiera en el intento de catalogarlas. Las primeras clasificaciones del mundo vegetal eran artificiales, debido a los escasos conocimientos sobre la estructura de las plantas. La más antigua establecía tres grupos: hierbas, arbustos y árboles. Estas categorías tan simples y arbitrarias sirvieron, no obstante, como material de partida para una clasificación basada en las relaciones existentes entre los organismos.
Las clasificaciones taxonómicas modernas aún se basan en estos mismos criterios naturales, que constituyeron el método ideado por el botánico sueco Carl von Linneo, en el siglo XVIII. Desde entonces, el sistema de Linneo se ha utilizado para clasificar animales y vegetales, y sólo se ha modificado para incluir los nuevos conocimientos sobre morfología, evolución y genética. Los métodos genéticos de clasificación cobran especial importancia en el caso de la taxonomía bacteriana. Además de clasificar a las bacterias en función de sus características morfológicas, fisiología, metabolismo, poder patógeno y necesidades nutricionales, se aplican métodos de taxonomía fenotípica (estudia características fisiológicas que surgen en condiciones ambientales estandarizadas) y de taxonomía genotípica (comparación de la homología entre el ADN de distintas bacterias por métodos de hibridación cromosómica).
