En ciertas células, orgánulo filiforme semejante a un cilio, pero más largo y capaz de diferentes movimientos.
En biología, la estructura fina y relativamente larga, hasta 150 micrómetro, que poseen algunas células en su pared, en particular las que tienen movimiento, por ejemplo, el espermatozoide, la bacteria y ciertos protozoos. Pueden darse aislados o en pequeños grupos. El batido del flagelo provoca el movimiento de la célula, pero en algunos casos el batido lo que provoca es un movimiento del entorno líquido, normalmente con fines alimenticios; compara axonema y cilio.
En botánica, filamento protoplasmático móvil, en forma de latiguillo, ampliamente difundido entre los seres vivos y que constituye el elemento locomotor de las flagelofíceas o fitoflagelados, así como de diferentes células reproductivas de resto de las algas. Dícese también de los estolones sin hojas ni clorofila. En las hepáticas jungermanniáceas, se aplica a ciertas ramitas largas y delicadas, con rizoides abundantes y hojas muy reducidas.
En un flagelo se distingue un filamento axial y una vaina protoplasmática. El filamento axial arranca de un centrosoma extranuclear o intranuclear, o de un corpúsculo basal, independientemente o conectado a su vez con el núcleo o con otras diferenciaciones celulares (blefaroplasto e cinetonúcleo). Estos detalles son variables según las especies, así como lo son el número y disposición de los flagelos. Que sean se uno a cuatro, es lo general; pero existen esporas de algas que poseen un número mucho más elevado (sinzoóspora de Vaucheria, espora estefanoconta de Oedogonium). La longitud de los flagelos es un carácter muy constante para cada especie; lo más corriente es que alcance de 1/2 a 3 veces las dimensiones máximas de la célula. Los flagelos pueden salir de una depresión o surco (embudo, fisura o surco del flagelo), que en algunas especies heterótrofas muestra un citostoma. Cuando en una célula existen varios flagelos, pueden ser iguales y simétricos, o diferenciados en grado variable. Los que se dirigen constantemente hacia atrás, y funcionan como quilla o timón (Anisonema), o bien como órgano de fijación (Pleuromonas), se llama flagelo rastrero o de arrastre o gubernáculos (al. schleppgeissel; ingl. trailing flagellum). Si se adhieren al protoplasma en una gran parte de su longitud, pueden dar origen a membrana ondulante. La acción y el rendimiento de los flagelos es cuestión compleja y poco conocida. Parece ser que se mueven según una superficie cónica, y en gran velocidad (10-50 vueltas por segundo); pero los movimientos ondulatorios simultáneos, que antes se aceptaban, no se realizarían más que bajo circunstancias excepcionales. En las especies nadadoras el movimiento de los flagelos provoca el giro continuo de las células al propio tiempo que su avance. Las velocidades más frecuentes entre organismo flagelados están comprendidas entre 1,5 y 6 mm. por minuto. En las especies sedentarias heterótrofas, la misión de los flagelos consiste en atraer partículas alimenticias (R. M.).