Hay en la Naturaleza colorantes derivados de la 1,4-naftoquinona (I); son las de color amarillo y solubles en los álcalis con color rojoviolado. Se encuentran entre ellos la yuglona, o 5-oxi-1,4-naftoquinona (II), de las partes verdes del nogal y sus frutos, va acompañada del trioxi-naftaleno correspondiente; y la plumbagina, 3-metil-5-oxi-1,4-naftoquinona, aislada de los rizomas de Plumbago europea. Entre los colorantes naftoquinónicos está también la vitamina K1, antihemorrágica, o 2-metil-3-fitil-1,4-naftoquinona (III). Está contenida en la col, tomate y en otros vegetales. (La vitamina K2 es también naftoquinónica y se obtiene a partir de productos animales).