Los núcleos que se encuentran en la formación reticular del tronco del encéfalo, fundamentalmente en columnas longitudinales en tres grupos: núcleos reticulares de la columna mediana (que incluyen los núcleos del rafe), núcleos reticulares de la columna medial y núcleos reticulares de la columna lateral. El término también abarca otros núcleos que no se localizan en ninguna de estas tres columnas, como el núcleo reticular del tálamo.