No hay un único método de carácter universal reconocido en teología; el método difiere de un teólogo a otro y depende en gran medida del grado de importancia que se concede a las diversas fuentes.
San Anselmo, del siglo XII, es un buen ejemplo de teólogo que utiliza un método de riguroso razonamiento lógico. En el Proslogium, Anselmo se propone probar la existencia de Dios a partir del concepto de un ser perfecto, y en Cur Deus homo sostiene que, dada la existencia de un Dios benevolente y de la maldad de la humanidad, las doctrinas cristianas de encarnación y expiación pueden deducirse por necesidad lógica. Pocos teólogos han sido tan rigurosamente lógicos como Anselmo, pero casi todos han aspirado a la coherencia lógica. Sin embargo, una minoría, incluidos el padre de la Iglesia del siglo II Tertuliano y el filósofo danés del siglo XIX Søren Kierkegaard, han negado que la teología pueda concebirse como un sistema racional y han afirmado que la experiencia humana de Dios revela discontinuidad y paradojas.
Se puede observar un método bastante diferente entre los teólogos protestantes de la Reforma y posteriores a ella, que han intentado fundamentar la teología ciñéndose tan sólo a la Biblia. En su forma más cruda, esto significaba una constante apelación a la Biblia para demostrar afirmaciones teológicas. Sin embargo, con el desarrollo de los estudios bíblicos, este tipo de teología se ha hecho mucho más sofisticada. En primer lugar, el método consiste en establecer el texto bíblico a partir de los manuscritos y de diferentes lecturas, sometiendo después este texto a un profundo examen para tomar nota, por ejemplo, de consideraciones lingüísticas, fuentes literarias y antecedentes históricos. En esto consiste el trabajo de exégesis, que aspira a la comprensión, en la medida de lo posible, del significado que pretendió el escritor. Los teólogos deben entonces continuar y preguntarse cómo ha ido evolucionando el significado original del texto en el curso de la historia doctrinal, y el significado que pudiera tener en la propia época y situación cultural de los teólogos. Este paso afecta a la hermenéutica, ciencia de la interpretación de textos. Hay quien afirma que la interpretación es en sí misma un acto creativo e innovador y no tan sólo la transposición de significados de un contexto antiguo a otro moderno. Además, una transposición que intentara reproducir el significado exacto del texto original podría dar lugar a cambios substanciales. El teólogo alemán del siglo XX, Rudolf Bultmann, abogó por un método de desmitologización, en el supuesto de que el significado esencial del Nuevo Testamento es una comprensión de la existencia humana que debe desvincularse del lenguaje mitológico de la época en que se escribió. El proyecto de Bultmann implicaba la traducción de este significado esencial en el contexto del lenguaje de la filosofía existencialista moderna.
En apariencia similar a las teologías de fundamento bíblico de los escritores protestantes son las de los escritores católicos, que han tratado de desarrollar teologías fundadas en los pronunciamientos dogmáticos de la Iglesia. Esto se realizó con cierta ingenuidad en los manuales más antiguos, aunque se ha reconocido ahora que las cuestiones hermenéuticas son tan relevantes para el dogma como lo son para la escritura, y que incluso los dogmas más venerados necesitan una periódica reinterpretación que puede dar lugar a la aparición de nuevas ideas.
Los teólogos poco dispuestos a comenzar con una apelación a los textos autorizados, ya sean bíblicos o dogmáticos, comienzan su labor por el extremo opuesto, analizando la experiencia humana y sus problemas, y preguntándose después cómo la sabiduría tradicional podría iluminar o resolver estos problemas. El teólogo alemán del siglo XX Paul Tillich ha utilizado la expresión ‘método de correlación’ para describir este procedimiento en teología. Él y otros autores han hecho buen uso de la fenomenología en sus análisis de la experiencia humana.
Los principales tipos de métodos teológicos pueden combinarse de diferentes formas; cada teólogo importante tiene un método único en sus detalles, pero que sin embargo implica numerosos procedimientos similares a los de otros teólogos; es importante señalar que muchos procedimientos de la teología son los mismos que utilizan los historiadores, los estudiantes de lengua y literatura, los filósofos, y otros especialistas.