La Reforma protestante del siglo XVI propició un regreso a la Biblia y un tono en teología más práctico, ético, quizá menos especulativo, y por lo tanto reflejó un intento de reducir el papel de la filosofía en la investigación teológica. Martín Lutero no fue un filósofo sistemático, aunque su nueva doctrina fue presentada con habilidad por su colega Melanchthon en su Loci communes rerum theologicarum (1521); sin duda, el teólogo más importante de la reforma fue Juan Calvino, cuyo Institutio christianae religionis (1536) permanece como un clásico de la teología sistemática de la Reforma. Calvino subrayó la soberanía de Dios hasta el punto de elaborar una doctrina estricta de predestinación, aunque intentara fundamentar todas sus doctrinas en la Biblia.
