La botánica sistemática o taxonomía botánica es la que reduce los vegetales a sistema y los ordena. Se parte para ello de la especie, como unidad fundamenta; la especie, sin embargo, puede estar constituida por jerarquías inferiores, subspecies, razas, variedades, formas. Y las especies, a su vez, se agrupan en entidades sistemáticas de más elevada categoría: géneros, familias, órdenes, clases… Así se constituyen los sistemas vegetales o métodos de clasificación de las plantas, que pueden ser arbitrarios, si sólo tratan de agruparlas para facilitar su determinación de manera artificiosa, o naturales, cuando las disponen según sus afinidades reales. La sistemática moderna no sólo se funda en la morfología externa del vegetal, sino que estudia asimismo su constitución anatómica, sus caracteres genéticos, su ecología, su área de dispersión, sus antepasados,… para formar cabal juicio acerca de las verdaderas afinidades o grado de parentesco que existen entre los diversos grupos de plantas o entre las especies vegetales. Si sólo atiende a los vegetales hoy vivientes, tenemos la botánica sistemática tal como se profesaba hace pocos años, ya que las plantas de otras épocas, restos fósiles e improntas, se estudiaban en una disciplina independiente, la filopaleontología. Hoy, sin embargo, se manifiesta cada vez más vigorosa la tendencia a integrar esta última disciplina botánica en la sistemática general, intercalando los diversos grupos de especies desaparecidas en el lugar correspondiente del sistema. De lo cual se sigue que la botánica sistemática echa mano de todas las ciencias botánicas para conseguir su más elevada finalidad, la de agrupar las plantas según sus verdaderas afinidades.
